El químico y microbiólogo francés Louis Pasteur en el siglo XIX hizo uso del concepto fermentación en un sentido estricto como un proceso catabólico que modifica las moléculas a través de la oxidación incompleta para lograr un compuesto orgánico. Si lo comparamos con la respiración aerobia, este proceso no es un método de obtención de energía demasiado eficaz porque solo 2 moléculas de ATP por molécula de glucosa consumida y al respirar se consiguen 37.
Los sustratos que forman parte de las fermentación se incuban en tanques, bandejas o recintos con una temperatura y una humedad concreta, mientras que los sustratos líquidos se incuban en tanques de acero inoxidable o en fermentadores cilíndricos-cónicos agitados.